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実技テスト

今日は我ながらよく働いたなと思う。

この間の会社の試験はとりあえず、筆記はパスしたようで(まぁ、あまり難しくはなかったので・・)、データセットとその詳細の連絡がきた。仕事の合い間の時間を見つけては、せっせと、試験のデータの解析を始める。

データセットは、肺がんのデータで4種類の肺がんと、健常者で遺伝子マーカーを探せという内容だ。
とりあえずガイドラインとして、データのクオリティはどうか、どうやって確認するか、クラスタリングからどういう事をいえるか、ANOVAをやったらどうなるか、Mutiple Test Correction で補正するとどうなるか、うんぬんかんぬん、柱となる9つの質問にまず答えて、それぞれのタイプのガンに特有のマーカーを見つけなければならない。

ひとまず、現状は以下の感じ。

データをノーマライズ後、各ガンのタイプ別に分布を見たところ、一応正規分布しているので、特にデータはどれもはずさずに探していくことにする。クラスタリングできれいに分かれるわけでもないが、有る程度遺伝子の発現でフィルターをかけると、別れるようなので、大きく外れているデータはないということで、進めることにする。

健常人とそれぞれのガンのタイプ別に比のデータを作成し、そのデータからANOVAを行なう。

ANOVAで有意差が出た遺伝子のみを使って、MAプロットを書いてみて、それぞれの比のデータ(ガンvs健常人)で発現状況を確認。どこかのタイプでのみ、動きがあるような有意差が出ていれば、詳細を調べる。

あるタイプのガンはこれで、絞ってこれた。そのタイプでのみ、動く模様。他もこれで出てくればいいのだが・・。 本当はPost Hoc をやるべきなのだが、諸般の事情により、別の方法でせねばならず、厳しい。。

PCAをやってみると、別れそうな雰囲気ではあるが、PCAから遺伝子の寄与率を調べるとなると、結構面倒くさい。っていうか、どうやるんだ?

むー、今週中にやらないと厳しいんだが、間に合うかな。。。

ヨーロッパのサポートの友達と、またもや共同作戦を実施することに!
心強い。
by biostat_cat | 2005-12-07 20:02 | マイクロアレイ | Trackback | Comments(0)

オージーの旦那様と2匹の猫らとののんびりライフ。ブログのタイトルはイタリア語で「ネコの足跡」という意味。私の足跡の記録です。コメント大歓迎☆


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