カテゴリ:文献( 4 )

これからのゲノム解析

今日はいろいろ気になるニュースや記事に目がいったので、そのまとめを。

最近、仕事がらみで次世代シーケンサーの関連の記事に目を通すことが多い。大学ではマイクロアレイのデータを触っているが、あらためて次世代シーケンサーの記事を見ると、マイクロアレイのデータで分かる事には限界があるのだろうなぁとちょっと悲しくも思う。

DNAが2本鎖の構造をしているという事が分かってから50年たらずでヒトのゲノムの解読が終わり、これでいろんな事が分かるのでは!という期待とは裏腹に、生物の複雑さ、多様さを認識させらているのではないかと思うのは私だけではないと思う。生物屋さんでも、解析屋さん、というわけでもないのですが、判別のアルゴリズムにデータをかけても、あきらかにアルゴリズムで判別きるような問題はなかなか多くはない。細かくはまた別のところで書こうと思いますが、そうそう、ひとつ気になったのがNatureの記事。日本語要約があるので、そちらのリンクを以下に。

遺伝:1人の肺がん患者由来の2つのゲノム塩基配列から明らかになった変異スペクトル

一人の肺がん患者の病巣部とその隣の正常細胞のゲノムを読んで比較をしたら、5万個の1塩基変異があり、500個ちょっとについて詳しく調べたら、400個近くが遺伝子をコードしている領域にあったよ、という論文。

ちょっと一瞬え?と思ってしまった私は知識が浅いのでしょうか。そんなに違うの??というのが正直な感想でした。人はそれぞれ違うゲノムをもっているけれど、個人の細胞はすべてほとんど同じゲノム、という認識が、かなり違っていたのか・・・

さらに、正常な組織でも、ある程度のバラツキがあるのだろうか?、、、という事は個人の病気による変異と正常細胞との違いをまず見て、それから患者と健常者、もしくは異なるサブタイプの人、などを比較した方がいいのでは?、、などなど、結局いまやっている事って何?という疑問がもくもく。。。

第3世代、第4世代シーケンサーで人のゲノムを読む価格はどんどんさがり、ランニングコストもぐっと下がると予想される現在、いったいこれからはどんな方法で解析が進むのか。。。

そう思った矢先、以下のニュースを読んだ。

FDAが5つの会社(遺伝子テストを提供している会社)に対してFDAの認可を得るよう通達(みたいな訳だと思います。)

最近は「あなたのゲノム、(または遺伝子)、調べます」みたいなサービスが盛んになってきて、FDAがそれに対して待ったを入れた感じでしょうか。Illuminaが14500ドル(132万円ぐらい)でゲノム読みます、重い病気の人は9500ドル(86万円ぐらい)というニュースを出したのが最近でしたから、それに対して反応したんですかね。でも解析ソフトの会社も対象になっているのにびっくり。23andMeは随分と前から、このサービスやってましたよね、確か???

これが良い方にでるのか、パーソナルゲノムを減速させるのか、日本でも認可が必要なんて話になったら、本当に日本は遅れてしまいそうで心配です。

まぁ個人のゲノムも病巣部と正常細胞で両方読む必要があるのかもしれないですが、はたして正常とはどういう状態なのか。メチル化されていくものもありますしね。。。

将来的には、生まれてすぐのゲノムとそれからの健康診断の度にゲノムをチェックして、自分のゲノムとの比較、なんて事が起るんでしょうか。なかなか新しい時代ですな~
[PR]
by biostat_cat | 2010-06-15 00:08 | 文献 | Trackback | Comments(5)

食物繊維サプリメントの体重減少における効果

ここしばらく、文献のCritiqueの課題のために読んでいる文献を以下にサマッてみます。

さまざまなダイエットファイバーと体重減少の効果

背景
食事療法に加え、ダイエットファイバーサプリメントをあわせて行うことで、体重減少に効果があるとされているが、市販されているいくつかのファイバーサプリメントを比較し、体重減少効果について考察する。

方法
60人の太り気味の人たちを1グループとし、体重、年齢、BMIをそろえた3グループを構成。ファイバーサプリメント投与群、プラセボ群にわけ、市販されている3種類のサプリメントを1グループ1種類、投与群は摂取する。1日3回サプリメントを摂取してもらい、5週間後の体重減少効果について比較する。
グループ内のプラセボ群、投与群との比較はWilcoxon signed rank sum test またはstudent t-test をデータの分布に応じて適用。3種類のサプリメントのグループ間での比較はWilcoxon rank sum test で行う。

結果
サプリメントを摂取した群と、プラセボ群では有意に体重減少に差がみられた。しかしながら、サプリメント間では有意な差は見られなかった。

結論
ダイエットファイバーの摂取は体重減少に効果的であるが、ダイエットファイバーの種類による差は見られない。

とまぁ、結構シンプルな文献なのですが、方法のところがちょっとおや?というところがあったのです。

まず3種類のサプリメントの効果を比較する際にWilcoxon rank sum testを使っている点。これはノンパラメトリックのt-testみたいなもんですが、3群以上では分散分析、等分散性が仮定できないような場合はノンパラの、Kruskal-Wallisなどを使う方が多重性の問題が回避できいいんですが、おそらくWilcoxon rank sum testで2群の比較を繰り返している模様。そもそも、Wilcoxon rank sum testの結果の詳細がでていないところから多重性の問題に気づいていたのではと思ってしまいますが・・
また、ややこしいんですが、プラセボ群と投与群の比較でWilcoxon signed rank sum test をノンパラには使うという点。このテストさっきのWilcoxonさんのテストとは少し異なり、サンプルが同一患者などで、たとえば薬の投与前と投与後の比較などの場合に使用するノンパラの検定方法ですが、今回の場合は、異なる人を対象にし、特に個々をマッチさせるような方法を取っているわけでもないので、どうしてこの方法を使ったのか、かなりなぞ・・。一番怪しいのは、一番最初のページでは172人の男女としていながら、男女比がどうであったかの記載がまったくなし。。3種類のサプリメントのうち、2種類はすべて女性で行われているし、3種類目のサプリメントについては、ただ単純にsubjects(対象)とだけかかれ、性別の記載なし。怪しい・・・

まぁ明らかにCritiqueできそうな箇所があってちょっと安心。レポートも書き方はともかくとして、大分書けた。後は文言をきちんとしたものにして、他の文献からの情報なども加味しようかなと思う。
他にもファイバーサプリメントに関する文献は多く出ているし、たくさんの文献の結果からさらに解析を行うメタアナリシスの文献も読んでいるが、今読んでいる文献はサプリメントの摂取量が比較的少ない。この点も不思議。。
いったん書いて、少し寝かせて読み返してみると、結構自分でさらに校正すべき箇所が明確になるから、今日中に1st draft を仕上げたいところだ。

今日早速ダイエットファイバーサプリメントを買ってみた。最近ダイエットも順調に進んでいる。カロリーコントロールはかなりできるようになってきた。が、体重減少は、ちと減速気味なので、ここでファイバーサプリを投入してみて自分で検証してみよう!

明日はまた数学のクラスがあるので、その予習もしなくては・・・
[PR]
by biostat_cat | 2005-09-18 21:30 | 文献 | Trackback | Comments(0)

ダイエット用ハーブ、カフェインとエフェドラを使用した体重減少、代謝変化、体組成変化の効果について

昨日から、この文献を課題に使おうと思って、詳細を読みすすめて、関連する資料を見ていたが、どうもこれはあまり統計的な吟味をできる箇所が少ないのではないかという結論に達した。。

折角読んだので、以下にサマっておきたいと思う。オリジナルの文献はこちら

注意:なお、この文献が発表されたときにはFDAはエフェドラをダイエット用ハーブとしないことを決定しました。これは報告された有害事象より様々な病気や健康障害におけるリスクがあると判定したためです。文献のタイトルが上記のようになっているため、そのまま訳しています。

背景:ダイエット用ハーブであるカフェインとエフェドラは近年その売り上げを大幅にのばしているが、同時に有害事象も多く報告されており、このStudyでは、カフェインとエフェドラを服用した場合の体重、代謝、体組成の変化と安全性について考察する。

方法:PhaseⅠでは12人の健常者(BMI 25から35)にハーブとプラセボをそれぞれ1週間、間をあけて服用してもらい、摂取2時間後のRMR(安静時エネルギー代謝)を測定。PhaseⅡではPhaseⅠで採用した12人に加え、28人の健常者をプラスし、計40人をプラセボ群、ハーブ群へランダムに割り付け、3ヶ月間1日3回ハーブまたはプラセボを摂取してもらい、体重変化、体組成変化を観察。PhaseⅢでは、それぞれの群に摂取していたものが、何であったかを明かし、さらに3ヶ月間観察。

結果:PhaseⅠでは、ハーブ群において8%±0.1(SE)のRMRの上昇が認められた。PhaseⅡでは3.5±0.6kgの体重減少がハーブ群でみられた。プラセボ群においては0.8±0.5kgであった。体脂肪はハーブ群では7.9±2.9%の減少、一方プラセボ群は1.9±1.1%(P<0.05)。心拍数はプラセボ群の方がP<0.03で減少が大きかった。脂質レベルや血圧における有意な変化はみられない。PhaseⅢでは体重の変化は、開始した当初よりもプラセボ群において7.3%、ハーブ群では7.8%減少であった。

結論:ハーブ群には、代謝促進、体重減少、体脂肪減少の効果が見られる。

この研究ではPhaseⅡ、Ⅲでは食事制限(摂取カロリーの制限)や適度な運動を行なわせているので、プラセボ群、ハーブ群ともに体重が減少している。それらの効果とハーブによる効果を調べるために、SASの混合モデルを使用して、時間のみによる変化、ハーブによる変化、それらの相乗効果を調べている。時間のみによる効果(P<0.0001)、ハーブによる効果(P<0.002)、時間とハーブによる効果(P<0.001)。運動や食事制限に加え、ハーブによる効果も有意とされたということだ。この文献では40サンプルを使っているので、非常に危険な有害事象や、関連があるといえるほどの数の有害事象は起こらなかった。

混合モデルの解析ももうちょっと勉強しないといけないところだが、ひとまずこの文献は、さておき、もう一本の方をあたるか・・
[PR]
by biostat_cat | 2005-09-10 12:06 | 文献 | Trackback | Comments(0)

アカデミー賞受賞者は長生き?

今度の課題は、文献を引っ張ってきて、統計的なコメントをしなさい、というもの。
文献はなんでもいいということなので、いろいろ見ていたら・・・

アカデミー賞受賞者は、そうでない人より長生き

アカデミー受賞者と、そうでない人を比べて、どちらが長寿かどうかを比較した文献・・
受賞者の方が長いという結論ではあったが・・・
[PR]
by biostat_cat | 2005-08-29 13:15 | 文献 | Trackback | Comments(0)

オージーの旦那様と巨大な猫ちゃんとののんびりライフ。ブログのタイトルはイタリア語で「ネコの足跡」という意味。私の足跡の記録です。コメント大歓迎☆


by biostat_cat

プロフィールを見る
画像一覧

S M T W T F S
1 2 3 4
5 6 7 8 9 10 11
12 13 14 15 16 17 18
19 20 21 22 23 24 25
26 27 28 29 30 31

カテゴリ

全体
徒然
ニュースクリップ
統計
マイクロアレイ
文献
Wish List
勉強の軌跡
仕事
Cinema
Nail
国際結婚(準備編)
PCDJ
国際結婚(生活編)
国際結婚(食事編)
国際結婚(英会話編)
心に響いた言葉
旅行
チェロ
自転車
Sweets
メグちゃん
Work out
研究のこと
お買い物
パン作り
バラ
庭のこと
デンマーク語
中国語学習
デンマーク語学習
編み物
料理
観葉植物
ミールプレップ
カメラ
未分類

お気に入りブログ

今夜もeat it
うちの食卓 Non so...
ろんどんらいふ
パリときどきバブー  f...
一日一膳
 フランス生活便り
ボノボノ毎日
ばーさんがじーさんに作る食卓
Yukiの部屋*Bonj...
パンの時間
ころころまるしぇ
Apricot&Peach
ほっこリ日記
Petit Delice...
Photo clip-m...
チャノマ。
Bon appetit!
うひひなまいにち
ごはんの時間 ++気まぐ...
お家カフェごっこ nic...
のんびり
Apricot&Peach3
こむぎあじ
A Taste of T...

最新のコメント

ありがとうございます!イ..
by biostat_cat at 05:24
お部屋いい雰囲気ですね!..
by bluecheese_jp at 09:31
最近、みんな写真もYou..
by biostat_cat at 23:51
Meal Prep、私も..
by bluecheese_jp at 07:27
ありがとうございます!バ..
by biostat_cat at 20:37
すごい!難しいバゲットを..
by bluecheese_jp at 17:25
bluecheese_j..
by biostat_cat at 21:11
リンクされたブログ、じっ..
by bluecheese_jp at 19:18
遅くなりましたが、お勧め..
by biostat_cat at 05:01
こういうのいいですね〜!..
by bluecheese_jp at 17:14

以前の記事

2017年 03月
2017年 02月
2017年 01月
2016年 12月
2016年 11月
more...

検索

ライフログ


素人のように考え、玄人として実行する―問題解決のメタ技術


生きること学ぶこと

人気ジャンル

ファン

記事ランキング

ブログジャンル

画像一覧

ブログパーツ

  • このブログに掲載されている写真・画像・イラストを無断で使用することを禁じます。