マイクロアレイのデータと統計的見方

今日はひょんなことからとある文献とコメントに行き当たり、目を通していた。マイクロアレイを使った、がんの予測に関するものである。

Classifier という方法でデータを分類するのであるが、Classifierはパターン認識のようなもので、例えば、予後のいい人、悪い人、それぞれの遺伝子の発現情報から、予後のいい人、悪い人を分けるパターンを見つけ、それをきめている遺伝子を見つけ出し、未知のサンプルについてもそれを当てはめようというものだ。
この中で重要なステップの一つはFeature Selection といわれる、それぞれのグループをよくあらわしている遺伝子の絞込みだ。絞込みのステップ同様、選ばれた遺伝子をどう評価するか、ということも重要なポイントである。

この文献では、すでに発表された7つの文献の遺伝子の選択は、その選択したマイクロアレイのデータセットに非常に依存しており、どのデータにも当てはまるというものではない、という点を指摘し、ランダムなサンプリングによる選択した遺伝子の評価がクリニカルな利用が行われる前に必要であるということを述べている。

マイクロアレイでは万オーダーの遺伝子が1枚のガラスプレート(または、そのような基盤)に載っており、使用するサンプル数は多くても百のオーダーだ。
クリニカルの分野では、サプリメントや特定の食生活が健康状態にどのように影響を与えるか、を調べるために何万人という人に対して年単位で追跡調査をやったりするので、「サンプルを取るのが難しい」という理由は簡単には通用しない、というところなのだろうか。
その中でみんな悪戦苦闘しているわけだが、統計的な側面からサンプルサイズが十分ない場合に、決定的なことが言えない、というのも分からなくもない。特に統計的手法で結果を出していることについて、Alarmを発している、という取り方をすべきなのかもしれない。

最近では、遺伝子群をモジュールとしてとらえ、個々の遺伝子よりも、同じように動く遺伝子をまとめて見る、という考え方も出てきている。個人的にはReasonableな考え方だと思う。それにより、遺伝子数からモジュール数ということで変数を減らすことができ、統計家から見ても納得できるような方法が見つかれば良いなと思う。
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# by biostat_cat | 2005-08-30 16:37 | マイクロアレイ | Trackback | Comments(0)

経費清算

請求書がいくつか先週届いていたので、経費清算を行なう。
システムが変わって、結構面倒くさかった。
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# by biostat_cat | 2005-08-30 12:45 | 仕事 | Trackback | Comments(0)

大掃除 パートI

なぜか急に思い立って、押入れの中の整理を始めてしまった。
いらないものや、着てない服などいろいろあるなと思った。ここは一気に捨てることにしました。
結構すっきりしてきて、いい気分。でもまだちょっと残ってるけど。。
明日は朝からボスとテレコンがあるので、そろそろ寝ましょう。
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# by biostat_cat | 2005-08-30 00:38 | 徒然 | Trackback | Comments(0)

オージーの旦那様と巨大な猫ちゃんとののんびりライフ。ブログのタイトルはイタリア語で「ネコの足跡」という意味。私の足跡の記録です。コメント大歓迎☆


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